Dette er en oppsummering av tilstedeværelsen, metabolsk potensial og økologiske roller til sopp i innsjøer. Akvatisk mykologi er et fremvoksende forskningsfelt med stort fokus på biodiversitet av akvatisk sopp og deres bidrag til nærings- og karbonsykluser, samt soppenes interaksjoner med andre akvatiske organismer og hvordan de påvirker dynamikken i akvatiske næringsnett.